上賀茂神社の北北西およそ2キロに標高301.5メートルの神山があり、山頂にある最も大きな岩（磐座）が御祭神、賀茂別雷大神が降臨したと伝えられる降臨石です。神社境内の東に流れる御物忌川と西の御手洗川が合流する三角形の斜面地に広がる社殿群が中心で、神山を遥拝する形で本殿が建てられています。
御祭神を祀る「本殿」と常設の仮殿である「権殿」が東西に並び立ち、共に文久三年（1863）造替で「流造」の典型として国宝に指定されています。その他の御殿は概ね寛永五年（1628）の造替でその殆どが重要文化財に指定されており、平安時代の佇まいを残すところから、平成六年に境内全域がユネスコ世界文化遺産に登録されています。
国宝2棟、重要文化財41棟を含む、23万坪の境内全域がユネスコ世界文化遺産に登録されている。
二ノ鳥居を入った正面の立砂は「神山」を象ったもので、頂に三本と二本の松の葉が立てられ、陽と陰の一対になっている。
境内マップ
- 本殿
- 権殿
- 片山御子神社（片岡社）
- 新宮神社
- 大田神社（境外）
- 若宮神社
- 奈良神社
- 賀茂山口神社
- 久我神社（境外）
- 須波神社
- 棚尾神社
- 川尾神社
- 橋本神社
- 岩本神社
- 山尾神社
- 土師尾神社
- 杉尾神社
- 山森神社
- 梶田神社
- 白髭神社（境外）
- 百大夫神社（境外）
- 鎮守神社（境外）
- 福徳神社（境外）
- 藤木神社（境外）
- 小森神社（境外）
- 半木神社（境外）
- 中門
- 東局
- 西局
- 幣殿（祈祷殿）
- 忌子殿（祈祷殿）
- 高倉殿
- 楼門
- 細殿
- 橋殿
- 土屋
- 楽屋
- 馬場殿
- 庁屋
- 一ノ鳥居
- ニノ鳥居
- なら鳥居
- 玉橋
- 片岡橋
- 樟橋
- 社務所
- 参籠殿
- 客殿
- 神馬舎
- 西鳥居
- 渉渓園
- 授与所
- 参拝者駐車場
国宝 2棟 重文：重要文化財 41棟
