上賀茂神社の北北西およそ2キロに標高301.5メートルの神山があり、山頂にある最も大きな岩(磐座)が御祭神、賀茂別雷大神が降臨したと伝えられる降臨石。神社境内の東に流れる御物忌川と西の御手洗が合流する三角形の斜面地に(広がる社殿群が中心で、神山を遥拝する形で本殿が建つ。